在尤溪县城南的公山之麓，原为邑人郑义斋馆舍。北宋宣和五年(1123年)，朱熹之父朱松任尤溪县尉，去官后寓居于此。南宋建炎四年(1130年)，朱熹在此诞生。朱熹逝世后，县令李修于嘉熙元年(1237年)捐资在此修建文公祠、韦斋祠、半亩方塘和尊道堂等建筑，祀朱家父子。
南溪书院古朴庄严，现建筑面积1000平方米，有韦斋祠、观书第、毓秀坊、毓秀亭等建筑。正堂当中立朱熹石膏塑像，两旁是朱子手书板联四幅：“读书起家之本 和顺齐家之本 勤俭治家之本 循理保家之本”。四壁高悬其上溯八代列祖列宗画像。
朱熹，字元晦，是中国古代最负盛名的哲学家、思想家、教育家，成就卓著的诗人和文学家。他集孔孟思想之大成，创见了一个博大精深的理学思想体系，对南宋之后七百多年的中国与东亚社会，产生了极其重大的影响。他学识渊博，人格高尚，是继孔子之后，又一位对人类思想史作出巨大贡献的东方文化圣哲。
书院之名始于唐代，分官私两类。私人书院最初为私人读书的书房，唐贞观九年（635）设在遂宁县的张九宗书院，为较早的私人书院。官立书院初为官方修书、校书或偶尔为皇帝讲经的场所。唐玄宗开元六年（718）将乾元院改名为丽正修书院。十三年又改为集贤殿书院。真正具有聚徒讲学性质的书院于五代末期基本形成，主要培养学生参加科举考试。
元至元二十八年（1291）元世祖首次下令广设书院，民间有自愿出钱出粮赞助建学的，也立为书院。
明初时，宋元留存的书院，多被改建为地方学校和社学。
